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小云一直专注于为粉丝们搜集并分享各类前沿的生信分析热点与新思路,如纯生信数据挖掘等。这为那些正从事基础研究的临床医生而言,无疑是最具性价比的入门途径。

虽然科研要求研究者维持研究的连贯性和拓展性,尤其是在如今国科金申报竞争愈发激烈的背景下,更重视研究基础和知识的积累。但我们也理解,不应仅仅追随热点,频繁更换研究领域。对于已经较为成熟、已投入较多资源的方向,持续的深入研究与拓展至关重要。

对此,小云的独特策略在于持续更新研究方法和视角。我们利用“嫁接”与“移植”的理念,使老领域焕发新活力。这不仅能深化研究的深度,对于国科金申报来说,更是一种事半功倍的方法。

那么,如何实现研究方法和视角的拓展与更新呢?

以近年来的常见分析热点“免疫微环境+单细胞数据挖掘+机器学习”为例。从图示中可以看出,“自噬”方向已过快速增长期,并在22年略显下滑趋势。

以“自噬”为例,小云挑选了一篇文献,分享如何借助新的分析方法在研究中重现自噬的现象:

  • 研究主题:鉴定与癌预后及免疫治疗反应预测相关的自噬相关基因
  • 发表杂志:Biomolecules,影响因子:IF=6.0
  • 发表时间:2023年2月

研究背景简介

癌(OC)是女性系统中恶性程度较高的之一,预后通常较差。由于患者对化疗和免疫治疗的反应差异大,目前缺乏有效的预后标志物。自噬与OC的发生和发展密切相关,但自噬相关基因是否可作为OC患者的预后标志物尚待研究。

接下来让我们了解研究思路、主要结果及分析...

通过从TCGA数据库下载OC患者的基因转录组数据,并采用单样本基因集富集分析(ssGSEA)来确定自噬水平与OC患者预后之间的关系。通过免疫化学(IHC)测定法检测不同临床标本中自噬标记物的表达水平。利用基因集富集分析(GSEA)、ESTIMATE和CIBERSORT等工具深入探讨自噬与免疫微环境(TME)的相关性。

关于详细的研究结果与发现,我们将在后续的段落中逐步揭示...

如大家在生信分析中感到困惑,或是希望探索新的热点方向,欢迎来找小云交流。小云团队将持续为大家带来最新的生信分析思路,如需复现上述研究思路或定制更多创新思路,请随时联系我们。云生信团队始终为您提供科研助力!

对于那些在科研道路上感到苦恼、没有思路的朋友们,不妨来找小云聊聊吧。我们期待与您共同探讨、共同进步。

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