微生物定量结果未检出


相对定量与绝对定量检测方法的探讨

在生物学研究中,了解不同样本间某个基因的表达情况对于揭示生命活动的本质至关重要。相对定量和绝对定量是两种常用的检测方法。相对定量通常使用荧光定量PCR或半定量RT-PCR技术,通过检测PCR过程中的荧光变化,对比目标基因的表达量。而绝对定量则致力于精确计算初始模板中目的基因的浓度,如测定血液样本中病毒颗粒的浓度等。

在研究土壤微生物多样性时,常规方法常采用高通量测序分析混合样本中微生物的丰度。这种方法忽略了样本间总体微生物量存在的现实差异,可能造成分析结果的偏差。结合高通量测序分析和绝对定量检测是更为可靠的研究手段。

针对土壤样本、血液样本等多种微生物混合型样本,我们特别关注氨氧化细菌(AOB)和氨氧化古菌(AOA)这两种目标微生物。为了准确检测它们的数量,我们采用了ABI7500荧光定量PCR仪和SYBR荧光PCR方法。

在实验过程中,首先需要对目标物种提取DNA,并设计针对目标基因的引物进行PCR扩增。接着,以测序正确的质粒作为标准品,建立标准品的ct值和拷贝数之间的线。这是绝对定量检测的关键步骤之一。

随后,我们需要从土壤样本中提取基因组DNA。这一过程涉及多个步骤,包括加入缓冲液、离心、加入特定试剂等。每一步都需要精确操作,以确保提取的DNA质量和浓度符合实验要求。

通过数据分析,我们可以得到标准曲线和样本检测结果。标准曲线反映了标准品的实时扩增情况和扩增效率,而样本检测结果则直接反映了样本中目标基因的表达量或浓度。